โปรแกรมพิเศษ ซึ่งจัดขึ้นเป็นประจำ เพื่อสร้างโอกาสให้ผู้ชมในประเทศไทยได้รู้จักหนังสั้นจากประเทศเพื่อนบ้านมากขึ้น คือ โปรแกรม S-Express โดยเทศกาลหนังสั้นได้เชิญภัณฑารักษ์จากประเทศนั้นๆ คัดเลือกภาพยนตร์สั้นมาร่วมฉาย ซึ่งปีนี้ มาจากสี่ประเทศ ได้แก่ มาเลเซีย สิงคโปร์ ฟิลลิปปินส์ และ อินโดนีเซีย พร้อมกันนี้ เทศกาลหนังสั้นยังได้รับเกียรติให้จัดฉายภาพยนตร์ Cambodia 2099 ผลงานการกำกับของผู้กำกับลูกครึ่งฝรั่งเศส-กัมพูชา Davy Chou ซึ่งได้รับคัดเลือกให้ประกวดในเทศกาลภาพยนตร์เมืองคานส์เมื่อพฤษภาคมที่ผ่านมา โดย Cambodia 2099 จะจัดงานในโปรแกรมเปิดเทศกาล และ โปรแกรมพิเศษ French Connection กับหนังสั้นชั้นดีจากฝรั่งเศสอีก ๖ เรื่อง
นอกจากนี้ เทศกาลภาพยนตร์สั้นจะมีการส่งตรงหนังอีกเรื่องจากเทศกาลภาพยนตร์เมืองคานส์ ได้แก่เรื่อง Norte, The End of History ผลงานของผู้กำกับชื่อดังของฟิลิปปินส์ Lav Diaz มาให้ท่านได้รับชม พร้อมกับโปรแกรมยอดนิยมของเทศกาลหนังสั้น คือ โปรแกรมหนังสั้นคัดสรรจากเทศกาลภาพยนตร์สั้น Clermont Ferrand ซึ่งถือเป็นเทศกาลภาพยนตร์สั้นที่ใหญ่ที่สุดในโลก โดยในโปรแกรมปีนี้ จะมีภาพยนตร์สั้นยอดเยี่ยมประจำปีนี้ เรื่องLa Lampe au beurre de yakมาจัดฉายด้วย
เทศกาลภาพยนตร์สั้นยังมีโปรแกรมพิเศษอื่นๆ ที่เรียกได้ว่าตลอดระยะเวลาเทศกาล ๑๐ วัน ผู้ที่รักในการชมภาพยนตร์คงจะได้ชมหนังสั้นกันอย่างเต็มอิ่ม เช่น Letter from the South โปรแกรมรวมหนังสั้นของผู้กำกับในอาเซียนที่เล่าถึงคนเชื้อสายจีนในประเทศต่างๆ โปรแกรม Queer หนังสั้นหลากลีลาทางเพศ และที่พิเศษอันเนื่องมาจากครบรอบ ๓๐ ปี การก่อตั้งหอภาพยนตร์ฯ จะมีการคัดเลือกภาพยนตร์สั้นที่โดดเด่นในกรุของหอภาพยนตร์มาจัดฉายในโปรแกรมพิเศษ ในปีนี้อีกด้วย